Можно ли одновременно использовать порт А микроконтроллера атмега16 (весь порт это ацп) для подключения лсд (7 бит) и один оставшийся использовать как вход внутреннего ацп,если да то какие особенности работы такой схемы?

Можно. Все порты микроконтроллера имеют альтернативные функции, завязанные со встроенной периферией микроконтроллера. В данном случае адьтернативные функции - это каналы АЦП микроконтроллера.
Многие ЖК дисплеи (на базе контроллера HD44780) могут работать в 4-битном режиме.
Все это реализуется/настраивается программно.