как защитить микроконтроллер атмега от копирования прошивки или доступа к нему?

А вы читать про fuse биты не пробовали ? Если вы собрались даже готовую прошивку заливать и защищать от копирования - вы должны об этом сами прочитать. А так вы иструкцию на молоток спрашиваете....

Немного поправлю - защитить прошиву можно с помощью Lock-битов. Fuse-биты - скорее относятся к конфигурации микроконтроллера.
Все что нужно знать о Fuse- и Lock-битах AVR микроконтроллеров