как правильно снять защитный слой компаунда(черного цвета)
с корпуса гибридной микросхемы

Кажется для герметизации микросхем используется эпоксидный компаунд или его варианты. Поэтому можно искать химический способ размягчения эпоксидки или применить механический метод (стачивание, выковыривание...). Термический вряд ли подойдёт, т.к. кристалл не выдержит.

можно охлаждать кристалл (просто закрепить на радиатор как и положена) а феном греть только крышку,по моему должно получится,а химически вряд ли поможет ,я не знаю химиката который размягчил эпоксидку