Вобщем коротко китайцам с экономили. Прошивка та что надо замер частоты делает, а вот в железе даже нет дорожек от 2 ноги mega 328p тоесть от PD4. Я припоялся к этой ноге через конденсатор 104 и на минус резистор 100КОм. Все заработало.

Хорошо что получилось. Теперь надо это запомнить, что и такое случается.
Для хорошей работы надо сделать нормальный, хоть и простой, входной формирователь и можно работать.