При проектировании платы возник маленький вопрос. Необходимо с одной платы подать сгенерированный сигнал частотой до 20МГц на другую плату. Как это лучше сделать? Можно ли воспользоваться обычными проводами и штырьками 2.54мм? или нужно использовать BNC?

Это зависит от требований с сохранению формы сигнала, сдвига фазы, характеристик источника и приёмника сигнала расстояния между платами. Без этих параметров адекватный ответ невозможен.