Как запустить двигатель на флопи-дисководе не подключая его к компьютеру?

Никакой не шаговый. Речь идёт о движке шпинделя, а он во флоппиках трёхфазный бесколлекторный, с обратной связью на датчиках Холла.

Шаговики от флопов вообще элементарно запускаются от "родной" платы. Можно даже ничего в оной не курочить, а просто задействовать управление по стандартному протоколу, через шлейф. Всё многократно описано в Сети.